【120】ウイルスはカオスの世界。PCR検査は意味がない。 - 大橋眞

PCR検査は、遺伝子の断片を調べるものであり、それ以外の目的に使うときには細心の注意が必要になる。今回の騒動の原因は、PCRが病原体ウイルスの検査に使えると、安易に考えたことにある。遺伝子を調べることと、病原体を調べることと似たようなものと思っている人がいるようだが、実際には似て非なるものの典型だろう。
　PCRは、プライマーと呼ばれる短い領域の遺伝子の一致（または高度な類似性）があると反応する。遺伝子の少し離れた2か所で挟み込む形で増殖反応をさせるので、遺伝子の高度な類似性を見るのは、合計40塩基ほどの長さの遺伝子である。この領域は、たんぱく質に翻訳させる部分なので、遺伝子の変異があっても、翻訳されるたんぱく質に変化のない変異であれば、たんぱく質に変化は生じないので、ウイルスの機能としては、ほぼ同じと考えられる。3つの塩基で1つのアミノ酸をコードしている、40塩基の遺伝子は、少なくとも12のアミノ酸をコードしている。20種のアミノ酸をコードする3つの塩基の組み合わせ（コドン）は、60種としても、一つのアミノ酸たり、平均3種のコドンが存在する。12のアミノ酸では、３の12乗通りの遺伝子多型が存在する可能性がある。このような多様な遺伝子型のうちで、今回のプライマーセットのPCRに反応するのは、ほんのごく一部である。今回のウイルスが、それほど問題というのであれば、同じ表現型をもった他の遺伝子型についても調べる必要がある。遺伝子の多型は、プライマーとして用いた領域以外にも当然ながら存在しうる。無数というほどの遺伝子多型が存在する中で、中国のグループが発表したひとつの遺伝子型の存在の有無だけをPCRで見つけることに、一体どんな意味があるというのだろうか。
　PCRの特異性が高いという特性は、一見すると特異的に病原体を検出するようにも感じるが、実際には病原体の検出という目的には使えないことになる。このような遺伝子多型の存在しうるウイルス存在の有無を調べる目的には、まったく不向きであり、役に立たないということを肝に命じる必要があろう。

The PCR test examines a fragment of a gene and requires great care when used for other purposes. The cause of this turmoil was that it was easy to think that PCR could be used to test for pathogen viruses. Some people think that looking at genes is similar to looking at pathogens, but in reality it's typical of something similar and non-similar.
PCR reacts when there is a gene match (or high degree of similarity) in a short region called a primer. Since the growth reaction is carried out by sandwiching the genes in two places slightly apart from each other, it is the genes with a total length of about 40 bases that show a high degree of similarity of the genes. Since this region is the part that is translated into protein, even if there is a gene mutation, if the mutation does not change the translated protein, the protein will not change, so it is considered that the function of the virus is almost the same. Be done. A 40-base gene, which encodes one amino acid with three bases, encodes at least 12 amino acids. As for the combination of 3 bases (codons) encoding 20 kinds of amino acids, even if there are 60 kinds, there is one amino acid or 3 kinds of codons on average. With 12 amino acids, there may be 3 to the 12th power of genetic polymorphisms. Of these diverse genotypes, only a few respond to the PCR of this primer set. If this virus is so problematic, we need to look at other genotypes with the same phenotype. Of course, gene polymorphisms can exist in addition to the region used as a primer. Given the myriad of genotypes, what does it mean to find out by PCR only the presence or absence of one genotype announced by the Chinese group?
At first glance, the characteristic of high PCR specificity seems to detect pathogens specifically, but in reality it cannot be used for the purpose of detecting pathogens. It would be necessary to dictate that it is completely unsuitable and useless for the purpose of investigating the presence or absence of viruses that may have such genetic polymorphisms.