Prototype 2 - Parte 4 - Terminado - Direto do XBOX 360

James Heller pode mudar de forma e assumir as identidades e memórias de outras pessoas consumindo-as. Pegar as identidades das pessoas e transformá-las nelas se tornou mais tático. Devido às ações da Blackwatch na Zona Amarela, se o jogador assumir o papel de soldado, as pessoas reagirão a ele de uma maneira que mostra que não querem nada com ele. Para garantir que os inimigos não sobrecarreguem o jogador, Radical criou um sistema de esquiva e uma nova IA mais realista. Heller poderá usar armas no jogo, como arrancar o canhão Gatling de um tanque e usá-lo contra inimigos. Heller também pode se aproximar de inimigos humanos desavisados, injetá-los com o vírus Blacklight transformando-os em "BioBomb" para explodir espetacularmente. Heller também tem força e agilidade sobre-humanas, quase invulnerabilidade a danos, saltos e planadores de quase voo, resistência infinita, aumento de velocidade e um senso de sonar. O sonar inclui uma nova habilidade de pulso que destaca os principais recursos de um ambiente para tornar mais fácil para o jogador encontrar alguém, em vez de procurar em uma grande multidão por uma pessoa com um ícone acima de sua cabeça. Radical afirmou que os poderes serão mais significativos, aparecendo como mutações e atualizações que permitem que os jogadores decidam como querem jogar como Heller.

Para dar aos jogadores mais poder no jogo, os desenvolvedores adicionaram gavinhas. Gavinhas brotam do braço de Heller e podem ser usadas para uma variedade de propósitos. Os jogadores podem usar gavinhas para esmagar objetos em outros objetos, como um carro em um tanque, utilizando o ataque 'Black Hole'. Os jogadores poderão desmembrar os inimigos, uma força que se tornará mais útil à medida que o jogo avança. Existem muitas outras maneiras de matar inimigos, desde jogar um carro em um grupo de soldados Blackwatch, cortar a cabeça de um mutante ou usar poderes. O consumo não mudou desde o Protótipo original, com exceção de alguns inimigos, que são consumidos ao pegá-los (por exemplo, Supersoldados, Brawlers). Também foi anunciado que Heller agora pode controlar um pacote de Brawlers (semelhante aos Caçadores do Prototype) para atacar qualquer coisa que ele desejar (nota: este poder é limitado à variante principal do Brawler). Heller não encontrará mais 'Eventos' em NYZ, em vez disso, iniciará missões secundárias invadindo a Blacknet. O sistema da Blackwatch que detalha as operações militares e as três áreas de NYZ, Heller escolhe em uma pequena lista de missões em cada terminal. A Blacknet permitirá que Heller encontre operações que ele possa interromper ou controlar para seus próprios propósitos e encontrar pessoas importantes que permitirão que ele aprenda mais sobre o que ele se tornou por causa do vírus Blacklight. Também o ajudará a descobrir mais sobre Alex Mercer e quais são suas conexões com as mortes de sua família. As missões que podem ser selecionadas podem ser missões secundárias ou extensões da missão principal que contam a Heller mais sobre o vírus Blacklight.